دوره 3، شماره ۹، ۱۴۰۲، صفحات 93 - 113

نویسندگان : فاطمه کاظمی ¹ ، محمدرضا رشادی نژاد ² ، زهره بیکی* ³

چکیده :
محاسبات مولکولی پدیده‌ای نوظهور از محاسبات در مقیاس نانو متری می‌باشد. تمرکز محاسبات مولکولی طراحی و ساخت پردازشگرهای مولکولی بر بستری از ماکرومولکولهای زیستی مانند دیاکسیریبونوکلئوتیداسید ، ریبونوکلئوتیداسید و پروتئینها میباشد [۱]. محاسبات دنا زیر شاخه‌ای از محاسبات مولکولی است که از واکنش شیمیایی بین رشته‌های دنا برای انجام محاسبات استفاده میکند. این محاسبات از نظر مقیاسپذیری، سادگی انجام و ساخت، هزینه‌های طراحی و پیاده سازی و ... تابحال موفقترین روش از بین همه روشهای شناخته شده برای محاسبات مولکولی میباشد [۲]. مدل‌های محاسباتی گوناگون با کاربردهای مختلف مبتنی بر رشته‌های دنا تا به امروز ارائه شده است، از جمله این مدل¬های محاسباتی، مدل محاسباتی خودسامانی می¬باشد. این مدل محاسباتی با توجه به قدرت خودسامانی کاشی‌ها، توان موازی¬سازی بسیار بالا و قاعده¬مند بودن آن بسیار مورد توجه قرار گرفت. با وجود این مزایا چالش¬هایی نظیر عدم کنترل¬پذیری کاشی‌ها و درصد خطای بالا و ایجاد کریستال‌های بزرگ در خروجی نهایی مانع پیشرفت این روش شده است. با حل مشکل کنترل‌پذیری کاشی‌ها در [۲]، امکان ارائه مدل مناسبی برای ساخت توابع منطقی با استفاده از این روش فراهم شده است. در این مقاله روشی برای طراحی توابع منطقی توسط کاشی¬های خودسامانی ارائه شده است. علاوه بر این قابلیت گسترش و کاهش هزینه‌های ساخت و همچنین توسعه روش برای ایجاد روند طراحی خودکار در این مقاله ارائه شده است. متدولوژی معرفی شده در این مقاله می¬تواند سرآغاز امید بخشی برای انجام محاسبات به صورت موازی باشد.

کلمات کلیدی :
محاسبات مبتنی بر دنا، کاشی‌های خودسامانی، روش طراحی دوخطی ، مدل‌های محاسباتی، محاسبات موازی.